ShortReadManager

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v1.08 Il y a 1 mois et demi

次世代シーケンサーでデータを取得すると、たくさんのリードが手に入ります。でもリードには一定の割合でエラーが含まれているので、注意が必要です。あるゲノム配列を例えば100xのカバレージで読んだ時に、1回しかでてこない31-merは、きっと何か偶発的な理由で、生じたものだとみなすことができます。偶発的な理由とは、例えばシーケンサーの読み取りエラーです。他にも、ゲノム配列とアダプター配列のジャンクション部分も、偶発的に生じ、出現頻度は低くなります。 リード中の底頻度部分を切りとばすと、その後の処理が楽になります。
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TraceViewerForMolecularBiology

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macOS / Education

v1.34 Il y a 1 mois et demi

DNAの分子生物学的解析手法として変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(変性PAGE)が行われてきた。この方法は熟練を要するだけでなく時間がかかり、また確実にデータがとれる方法ではない。一方でキャピラリーシーケンサーは確立された技術であり、(1)変性条件下での泳動が可能、(2)ゲル調製が不要で1日に何度も解析できる、(3)検出系が高感度なためサンプルがごく微量で良く、サンプルを何度でも解析できる、(3)1塩基以下の解像度である、(4)解析できるDNA長のレンジが広い、といった優れた性質を多く備えている。唯一の欠点は、キャピラリーごと、泳動ごとに、泳動の進行速度が若干異なるため得られたデータの相互比較が難しいという点である。 この欠点を回避する手段は、解析するサンプル(蛍光ラベルしておく)にサイズスタンダードを混ぜ、これを利用して泳動度の違いを補正することだ。 TraceViewerForMolecularBiologyでは、サイズスタンダードから2つを選んで、これにより泳動度の違いを補正しサンプル間の比較を容易に行うことができる。これまでにフットプリンテイング、in vitro transcription産物の検出、nickサイトの同定、逆転写酵素によるtailing反応の発見、tailing反応の促進剤の同定、CIS法の最適化、超音波で断片化したDNAの末端構造の解明と効率的修復方法の確立、といった幅位広い成果が得られている。 極めて効率良く解析ができることから、広く公開することとした。変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行なっている研究者がいたら、本アプリをお勧めいただけると幸いである。
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