Comme à chaque nouvelle mise à jour de firmware, certaines application et tweaks de Cydia deviennent incompatibles. Avec l’arrivée du Firmware 3.2 pour l’iPad, ce problème s’est également posé.

Pour l’instant, la plupart des applications Cydia ne sont pas encore compatibles avec l’iPad. Afin d’éviter les mauvaises surprises qui conduisent parfois à une restauration, une liste Google Docs a été crée. Cette liste, mise à jour en temps réel par la communauté iPhone et iPad, peut être modifié par tout le monde afin d’y rajouter des applications.